Kubo je úplne normálny teenager, ktorý žije obyčajný život v rodnej dedine. Jedného dňa mu na dvere zaklopú temní démoni zo záhrobia, ktorých dokáže zahnať len Kubova mimoriadna odvaha a kompletná magická výzbroj jeho otca, o ktorom Kubo zistí, že býval legendárnym samurajom.