V záverečnej časti trilógie vedie armáda Zionov, podporovaná odvážnymi civilnými dobrovoľníkmi, neúprosný boj, aby odvrátila inváziu Sentinelu. Zostávajúce ľudské pokolenie bojuje nielen o holé životy, ale o budúcnosť ľudstva samotného. Neznámy prvok otrávi mužstvo a ničivého plánu Smitha sa okamžite zmocní Bane, člen konvoja. Každým ďalším okamihom sila rastie. Smith je za hranicou kontroly robotov a teraz hrozí zničenie ich ríše, reálneho sveta Matrixu. Veštkyňa ponúka Neovi (Keanu Reeves) svoje rady, ktoré však on príjma s vedomím, že jej slová môžu byť iba ďalšou klamnou rovinou veľkého systému Matrix. S pomocou Niobe volí Neo a Trinity (Carrie-Anne Mossová) ďalekú cestu, na akú sa ešte nikdy žiaden človek nepodujal - nebezpečnú cestu nad zemou, až do vnútra hrozivého mesta robotov. V tejto mechanizovanej metropole sa Neo stretáva tvárou v tvár s najvyššou mocou sveta robotov...